十一月甲申，敦煌郡王张议潮薨。帝悲慟，輟朝三日，追封凉王，諡忠武，配享太庙。亲制輓诗曰：河西风雨三十年，汉节终开日月天。以其长子淮銓袭公爵，余子皆授银青光禄大夫。
十二月，户部奏：岁入粮三千二百六十七万石，杂税九百四十六万贯。帝敕三司：须明刻碑示民，有贪克者族。
洪武四年正月，帝革中书省，置乾元、贞观、宣政、紫宸、文思、武成七殿大学士，秩正五品，总称內阁。二月，颁《內阁敕》：其职惟匯奏擬答，非宰相也。入选者必戍边一载，治县三载，通武事而知民情。
三月，湘西慈利蛮酋覃行章焚澧州仓廩。都督刘英谚率土家兵五千，以火药破其峒寨。帝敕：剿抚兼施，不可妄杀。。
辛未，山东青州蝗，帝命户部发钱三十万贯賑济，免本年赋税。
四月，山西平阳飢，拨京仓粮五十万石賑之。
五月，岭西邕、桂蛮乱，號十万眾。副都督遣张归霸、庞师古率七千兵討平，俘十万眾，悉编为屯田兵。
七月，江南大雨三月不止，长江诸水溢，七十三县受灾。帝发內帑七十万贯，遣工部尚书耿明治水。是月，宰相刘瞻致仕，赐宅邸、钱帛，命北军护归乡里。擢河东布政使崔恕为相，王平仲代其职。
八月，国师悟真奏：吐蕃王没卢丹增受册封，建寺五十六座。帝命陇右、剑南扩修驛道通吐蕃，敕没卢丹增发民夫十万助工，日给粮三升。
九月，革僧道度牒旧制，定佛诞、玄元二节科考。收天下寺观田六百万亩，限三年无牒者还俗。僧道怨嗟而不敢逆，多奔吐蕃。
十月，户部奏：天下仓廩积粮二千二百万石，钱四百万贯。
十一月，军器监献火绳枪。帝召宰相曰：渤海据辽东故地，轻慢天朝。昔卫满窃朝鲜，武帝犹发兵灭之。遂调粮五十万石往登莱，集诸道兵於青州操练，造舰二百艘，欲跨海东征。
五年二月，帝詔青州聚兵三万，都督耿明率海军二万北上。於登莱、辽南诸岛修仓储十二座，筑石堡五处，烽堠相望。工部奏：“跨海运粮，须造二千料海鶻船百艘。”帝允之，令户部拨钱八十万贯。
四月，会川大雪山蛮叛，断西南驛道。巴川郡王张武率兵万人，攀冰崖、焚藤桥，搜剿百余洞。斩首三万，俘五万悉编屯田。帝敕：雪山险远，当置戍堡，永绝后患。
八月，以江南水患未根治，发户部帑钱五十万贯，浚吴淞江百里，拓黄浦江口，固浙江海塘。
十月，賑杭州饥民三万三千七百八十余口，给米十六万石。
洪武六年正月，镇州旧牙兵王奎纠亡命三千，诈称“天补平均大將军”，掠赵州。河北都督斛斯光发轻骑五千，夜袭其营。奎据滹沱河顽抗，光令士卒负草填堑，火枪齐发。斩奎於乱军，传首河北诸州县。帝敕曰：牙兵遗毒，务鬚根除。自今获叛卒，首恶凌迟，从者皆戍安南。
三月，京畿春旱，麦苗枯槁。帝命京畿道发常平仓粟百万石，分设粥棚三百处。另遣工部督民浚井万眼，赐《救荒本草》於诸县，减膳祈之。
七月，渤海使裴頲至洛阳，詰问海上筑堡事。帝曰：辽东本属汉人，昔唐室衰微暂弃之。今朕承天命，当復汉家旧疆。尔王可迁民北徙，免遭兵燹。
頲曰：唐太宗曾困於安市城。帝曰：卿不见野狼川黠戛斯之歿乎？頲汗流浹背而退。
八月，青州军尽换火绳枪，造弹药百万斤。征民夫二十万运粮，沿海设水驛三十处。
九月，渤海大將李居正陈兵三万於辽东。筑冰城、布铁蒺藜。耿明遣快船扰其粮道，焚其舟师百余。
十月，黔南矩州蛮叛。都督王建以土司兵为前锋，诱敌出峒，火攻破之。斩首万余，收降四万编为屯兵。
十二月，新罗使金裕弘请助战。帝拒，赐锦缎百匹。
洪武七年三月，耿明率水陆大军五万渡海攻辽东，李居正退守辽东城，耿明以张延暉、马殷、王重荣分兵多路，进取辽南诸城与平壤。
四月，耿明率军兵围辽东城，以火枪兵猛攻，骑兵横击，斩首渤海劲卒万余。
五月，渤海王大玄锡闻战败惊惧，遣裴頲入朝谈和，徙辽东之民北上渤海。耿明遂出兵收復辽东。
六月，帝置三司於辽东，曰：辽东广袤，朝廷秩序將玄菟、辽东城、平壤等处滩涂围堰填土，便可得耕田千万。以朝廷之力，想要牢牢占据辽东，非百万人而不可。眼下辽西填土造路，非十余年功不可成，迁徙百姓唯走海路。
己巳，帝传旨南衙，以河北、河南两道百姓为主，凡迁辽东之民，免田税三年，每口发田二十亩，每户发耕牛一头。
洪武八年二月，帝諭海军都督耿明曰：朕嗣位八载，日本未尝遣使。海宇茫茫，岂无化外之邦？卿当率舟师东巡，询其不贡之由，且探东海诸夷。
四月，耿明率舟师二万八千、海船二百八十艘，自明州出洋。旌旗蔽日，帆檣如林，浙东百姓聚海岸观之，嘆为“龙驤渡海”。
五月，舰队抵日本博多湾。日主国王年幼，其关白宰相藤原基经摄政。见汉舰巍若山岳，火器森列，急遣使奉国书、献珊瑚明珠，请以佐渡岛为汉军泊港。耿明宣敕曰：“尔国久闕朝贡，本当问罪。念汝恭顺，许开互市。”
六月，耿明令於佐渡筑官港、修船坞、设烽堠，留兵三千镇守。另遣兵二千探险船队东进。
七月，湘西峒蛮復叛，掠朗、澧二州。帝敕淮南等三道合兵进剿，破寨八十二，俘六万余。悉迁山南东道，授田器、稻种，敕曰：三年不征，使习耕读。
