很显然，万历是在对张四维事件进行报复，但用这种简单粗暴的方式，就太让人无法接受了。对于文官集团来说，他们最抗拒的就是皇帝越过官僚机构，直接决定大臣的去留，那样会使他们的游戏规则成为儿戏，大家争来争去，也都成了笑话。
于是剩下两位大学士，诸大绶和吕调阳也上书请辞，认为皇帝对现任内阁不满，所以大家该一起滚蛋。六部九卿亦纷纷上书，请求皇帝收回成命，然而万历一概留中，只当他们是百犬吠声。
虽然六科不出所料的封还了察疏，然而三位阁老那么大干部，哪能还跟没事儿人一样？于是接连递交辞呈，这时万历皇帝尽显贱人本色，明明是他让别人颜面扫地，现在却又假惺惺的不接受。
要按唐汝楫的脾气，不接受就算了，俺再回来上班就是，估计能直接把万历气死。然而陆树声和魏学增太要面子了，不达目的誓不罢休，弄得他也没办法，接连上了六七道奏疏。最终万历才『勉为其难』接受，还要在圣旨上说，我只是想提醒一下几位，没想到你们这么脆弱……三位阁老一去，再加上半隐退状态的张四维，内阁中只剩下诸大绶和吕调阳两个。按说万历对内阁专权疑虑重重，更不愿为阁臣挟持，是不急着补选的，然而诸大绶为浙江绍兴人，与沉默既是同乡又是同年，但他素来低调中立，有古大臣之风，因此皇帝不认为他是威胁，不过也不可能将国事放心交付。至于吕调阳倒是老实木讷，从不跟领导发生冲突，是皇帝心仪的首辅人选，无奈其年老体衰精力不济，实在难堪重任。所以在京察结束不久，万历便下诏增补阁臣。
晋党和沈党角逐的重点，立刻转移到谋求己方人选入阁上。王崇古故技重施，命言官以会推南京吏部尚书为教训，建议取消九卿会推的制度。『九卿会推』就是廷推，就像京察分北察南察一样，廷推也分南推北推，南推与北推的程序完全一致，唯一的不同是，南京没有内阁，且推出的人选，需报经燕京同意。当时南京吏部尚书会推的六人全部为在江南就职的官员，因此有『吏部不过江』的笑谈。
晋党现在拿南方官员的无法无天说事儿，请求皇帝收回人事大权，其真实目的是希望由吏部来推荐入阁的人选，为晋党中人入阁创造条件。为了确保成功，王崇古亲自上阵，上疏力陈九卿会推的弊端，建议将会推之权交还吏部。
然而晋党没能靠这次京察，成功清洗科道的恶果显现出来，言官们群起而攻之，弹劾王崇古『屡屡密揭擅权交通乱政』，『借主威以泄怒』，『狠毒放肆无人臣礼』，并拿出王崇古与三边旧部往来的书信为证，要求皇帝『征众正以亨阳德，屏邪佞以廓氛祲，肃军政以防不测』！
对于铺天盖地的弹劾，一开始王崇古并不在意，因为万历皇帝已经对危言耸听的弹章免疫了。但当他写给三边旧部的信件被捅出来，王崇古知道，这下要完蛋了。其实与昔曰部下书信往来是很正常的，一般也没人会说什么，但你的书信一旦落到仇家手里，就完全可以陷你个『廷臣结交边将』的罪名。
