当时的盘古文明联盟，对「伏羲系统」的担忧来自两点。
其一是伏羲系统可以辅助一支超级舰队跳跃到黑墙之外，甚至直接向黑墙外发射某种信号，以至于泄漏盘古宇宙的「天机」，极有可能引来「洪潮」的侵袭。
虽然「伏羲系统」的最高控制权限肯定掌握在盘古文明联盟的高层，那些深谋远虑，睿智和理性的大人物手里，但谁也不敢保证，会不会有一个丧心病狂又绝顶聪明的疯子，能劫持整个系统，干出毁灭盘古宇宙的事情——从古往今来无数文明的经验来看，这样的疯子总是有的。
其二，几乎存储了盘古宇宙所有信息的「伏羲系统」本身，似乎也越来越成为令人捉摸不透的神秘存在，诸多迹象都表明，一些微妙而危险的涟漪，正在它庞大的资料库深处酝酿。
正如现在的人类也非常担心「人工智慧崛起」，「智械叛乱」，「灵网毁灭人类」之类的问题，当时的盘古文明，也同样走到了命运的十字路口，面对同样的问题。
两大担忧最终汇聚成了一个决定，那就是盘古文明联盟真的「挥刀自宫」，硬生生销毁了自己最强大的星海远航舰队，并且阉割了最先进的晶脑和灵网技术，或是封印，或是毁掉了「伏羲系统」90%的信息和功能。
当然，完全毁灭「伏羲系统」，是绝不可能的。
正如莫玄教授曾经说过——人类文明发展至今，已经不可能摆脱晶脑和灵网，那就绝不可能遏制全新生命形态的诞生。
新生命的诞生，只是时间早晚问题。
同样，盘古文明联盟能团结十三支截然不同的碳基生命种族，扩散到整个盘古宇宙，占据了黑墙之内几乎每一颗星球，依靠的就是无比发达的灵网和晶脑系统。
倘若彻底失去灵网和晶脑，整个联盟瞬间就会分崩离析，每一颗星球都将变成浩渺星海中的孤岛，在黑暗侵袭中瑟瑟发抖，最终无声无息地灭亡。
失去灵网的传递，在冰冷的真空中，没人能听到他们的最后一声哀嚎。
是以，盘古文明联盟依旧保留了伏羲系统10%的信息和功能，勉强算是一个「阉割版的伏羲」。
之后，盘古文明联盟对十三支成员种族的「人性」也进行自我阉割，包括委托女娲文明创造人类等等，和「阉割版伏羲系统」也脱不了关系——没有极限性能的超高速计算系统辅助，如「大脑封锁」，「神魂烙印」，「基因融合」，「变异分裂」，「人工繁殖」等等作业，是根本没办法完成的。
至于「阉割版伏羲系统」在洪荒战争中又扮演了什么样的角色，资料缺失太多，却是不得而知了。
李耀只是听龙扬君说过一句，她怀疑洪荒战争期间，盘古和女娲双方都掌握了一部分「阉割版伏羲系统」的控制权限。
因为一边是联盟的「盟主」，另一边正在利用「伏羲系统」创造人类。
