他们将一切罪责归于SEELE，并向全世界宣布，人类将团结一切可以团结的力量，共同恢复地球。
为了表达决心，各国放弃了私有武装力量，共同组建起一支统一受联合国调遣的「地球防卫军」。
而NERV，则被改组为「地球生态重建与进化研究所」，旨在通过对EVA技术的研究，重新构建地球生态。该项目的总负责人，由张启担任。
因为使徒的威胁已经彻底消失，真嗣、绫波丽等EVA驾驶员，也终于卸下了沉重的担子，恢复了普通学生的身份。
走在第三新东京市重建的街道上，真嗣总有一种不真实的感觉。
当他收到父亲的死讯时，内心甚至没有泛起太大的波澜。
对于那个如同陌生人一般的父亲，他的死，似乎只是一则与自己关系不大的新闻。
反倒是偶尔能见到张启，让他感到一丝莫名的安心。
只是，明日香的情况有些特殊。
她在与使徒的战斗中，精神与EVA的同步率过高，受到了深度的精神污染，目前仍在NERV的医疗中心接受特别观察与治疗。
不过好消息是，明日香的情况稳定了下来，已经能和他们见面了。
研究所的办公室里，张启正面对着葛城美里和赤木律子二人愤怒的谴责。
毕竟这是他将一堆烂摊子丢给了两人，理亏的是他。
之后花费了一番功夫，又许下了无数承诺，才总算将这两位愤怒的女士安抚下来。
处理完这一切，他走向了研究所最深处的特护病房。
他需要完成对明日香的治疗，同时，也要兑现另一个约定。
「原来——成为人类，是这种感觉吗？」
病床上，一个银发少年缓缓睁开了眼晴，他好奇地举起自己的双手，反复端详着，那双红宝石般的眼瞳里，充满了新奇与一丝不真实感。
「嗯，使徒和人类本就很相似，只是因为使徒的肉体过于强大，让你的精神不得不屈服于肉体本能。
借由从莉莉丝的重新孕育，你已经是货真价实的人类了。
所以？从今天开始，你就自由了，诸薰。」
