也正因如此，他们才会默许碳源堂将第三新东京市打造成一个巨大的要塞、并将莉莉丝作为勾引使徒前来的诱饵。
这样当NERV解决完全部的使徒之后，他们就能直接启动人类补完，让人类回归莉莉丝的母体成为究极生命。
然而，他们低估了棋盘上另一个玩家的野心。
源堂，这个看似忠诚的执行者，早已在暗中布下了自己的棋路。
他通过绫波丽这一系列的克隆体，巧妙地将莉莉丝那懵懂而原始的灵魂牢牢在了自己手中。
现在，经由张启和加持良治的运作，作为使徒「父亲」的亚当，也已落入他的掌控。
在源堂的视角中，棋盘已然清晰。
一旦最后一只使徒倒下，就是他掀翻棋盘，无视SEELE的规则，强行启动属于他自己的「人类补完计划」的时刻。
而这两边都不知道的是，另一个棋手也悄然加入了棋局「还真是厉害啊——
在戒备森严的私人实验室内，张启凝视着全息屏幕上投射出的、复杂到令人头晕目眩的基因图谱，由衷地发出了一声赞叹。
这是从那块微小的亚当胚胎组织上解析出的遗传信息，是生命之树的根源，是所有使徒的原点。
它的到来，连同之前获得的三具使徒尸体一一水天使、昼天使、雷天使，以及刚刚送达的鱼天使样本，终于为他补齐了解析S2机关的最后一块，也是最核心的一块拼图。
