此次大明军事改革，设立五军都督府，周建安所在的威武军便是属于中军都督府的管辖范围之内。
而周建安同时大都督府大都督和中军都督府左都督一职，当然，考虑到周建安并没有多少时间去管理军区事务，所以隆昌也给周建安安排了一个副手，便是京营周遇吉。
这次南下，周遇吉跟着隆昌朱慈烺一路，让隆昌对其很是信任。
因为周建安并不主管军区事务，所以中军都督府右都督一职非常重要，加之这个官职换句话说也掌管着天子禁军，所以，若不是极其忠诚之人，隆庆也不敢随意的安排在此处。
包括京营，威武军在内的所有将士也全都进行了整编。
其中关于整个大明军队的编制也进行了统一的改革。
其中，以伍为军队之基础，每伍十二人，领队军官称为伍长。
三伍为一旗，每旗共计三十七人，领队军官为小旗。
三旗为一队，每队共计一百一十三人，领队军官称为队正。
三队为一营，共计三百四十二人，领队军官称为营总。
三营为一团，共计一千零三十四人，领队军官称为团总。
三团为一旅，共计三千一百五十二人，领队军官称为旅帅。
三旅为一镇，共计九千五百五十六人，领队军官称为总镇。
